Perang Cawan Suci Kelima berlanjut, dan kekacauan berikutnya menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat untuk mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhan massal, bertekad untuk mengalahkannya.
Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui adiknya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertarung melawan Shinji, berharap bisa membebaskan Sakura dari pelecehan kakaknya. Tetapi kebenaran buruk dari saudara kandung Matou mulai muncul ke permukaan, dan banyak rahasia gelap terungkap.
